可根据扁桃体结石的大小，来选择合适的治疗方法。
对对于较小、位置表浅的扁桃体结石，可以采用咽拭子、长棉签或者压舌板来擦除结石，位于扁桃体的比较容易看到的小结石，还可以采用枪状镊子或者喉异物钳将其取出来，同时可以采用吸引器，通过负压吸引的方法将扁桃体腺管内的小结石抽取出来。对于比较大的结石，可以在表面麻醉或者局部麻醉下，切开扁桃体黏膜后将结石取出。非常顽固、比较大的扁桃体结石需要做扁桃体切除术，可以清除这种病灶。
建议可每天饭后用温盐水漱口，可以有效去除扁桃体结石、缓解结石造成的咽喉部不舒适感，防止结石复发。