真菌性外耳道炎一般采取抗真菌的药物进行治疗。
首先应认真清理耳道、外耳道及乳突术腔，清理耳腔分泌物，再使用一些抗真菌的药物进行局部涂抹于耳道，可适当配合服用抗生素进行治疗。
真菌性外耳道炎易复发，治疗期间注意不要让水进入耳朵防止其他病菌侵入后造成混合感染。