肛瘘的早期症状有肿痛、排脓等。
肛瘘一般分为外口，内口，还有窦道组织，肛瘘早期主要症状就是流脓，在初期流脓比较多，随着时间的延长脓液会逐渐减少。如果在早期窦道有新的管腔形成，有急性的感染会表现为脓液逐渐增多，在肛瘘的早期有时候会表现为，自内口流出少量的血液，血液与脓液相混。早期肛瘘有时还会表现为疼痛是因为瘘管引流不通畅，表现为局部的胀痛或者跳痛，流脓以后症状会逐渐减轻。肛瘘早期分泌物反复刺激肛周的皮肤，从而会引起瘙痒，有时会导致肛周湿疹的产生。肛瘘不影响排便，但是在肛瘘早期因为疼痛或炎症刺激，会引起排大便不通畅，有时会导致便秘的产生，所以肛瘘早期症状非常的多。
因为肛瘘会反反复复的出现流出少量脓液的症状，所以往往是会进一步去污染内裤，个别人的脓液刺激肛周皮肤，所以建议不要吃发物。