肠镜主要用于肠道疾病的诊断、鉴别诊断，对于有消化系统症状，如腹痛、腹泻、血便、大便习惯改变等的人群，应行肠镜检查。
以下两种最好做肠镜检查。第一种是慢性腹泻或便秘。一般来说大便一天一次是最好的，但是不超过三次也是正常的，只要形成一定的规律都没有问题。但是如果大便没有规律，持续两个月以上就被称为慢性腹泻或者便秘。这种情况下一般需要进行肠镜的检查，排除肠道是否有肿瘤的可能。第二种是便血。大便带血往往会引起人们的恐慌，但是有绝大部分的大便带血都是痔疮引起的。也有一小部分不是由于痔疮引起，而是由于肠道内的恶性肿瘤。出现这种情况时也要及时去医院进行检查，必要时做大便潜血实验，排除肠道恶性肿瘤的可能。
肠镜检查是早期发现肠道疾病的最佳办法，通过肠镜检查可以发现没有症状的较早期阶段的肠癌，以便得到较及时的治疗。