溃疡性结肠炎主要病变是在黏膜层和黏膜下层，而克罗恩是个全层性病变。
溃疡性直肠炎主要是左半结肠黏液脓血便，以左下腹部疼痛为主。克罗恩病是消化道系统整体黏膜病变，可累及黏膜全层，主要以肠梗阻为首发症状，以肛周出血、肛周脓肿、肛管为首发症状救治。二者在病理上也有差异，溃疡性结肠炎主要为窝脓肿或窝炎，克罗恩病主要为非干酪性肉芽肿。因此溃疡性结肠炎的临床主要表现为黏液脓血便，伴腹痛、腹胀就诊。
临床上还需要排除其他感染性肠病和肠结核、肠淋巴瘤、肠管结肠肿瘤等疾病。必须用肠镜把病理结合起来，明确诊断。