霉菌性肠炎可以服用中药或消炎药治疗，也可以通过手术治疗。
服用中药治疗。中药的药性是比较温和的，有一些中药材也是具有杀菌消炎功效。服用消炎药。目前治疗炎症最好的方法就是服用消炎药来进行治疗。如果患者患有霉菌性肠炎，就可以服用一些具有抗霉菌感染的消炎药来进行治疗，可以快速的将患者肠道中的霉菌消灭掉。因为霉菌的繁殖速度是比较快，也可以通过手术来治疗。
建议:吃一些清淡容易消化的食物，尽量不吃辛辣、刺激性的食物，避免给肠胃增加负担。可以多锻炼运动，增强体质。