精子畸形的治疗可以分为日常治疗、药物治疗，严重者可以辅助生殖技术完成传宗接代。
1、纠正日常不良的生活习惯，劳逸结合均衡营养、补充精子生成不可或缺的锌、硒、蛋白质等微量元素。2、口服维生素C和E抗氧化，加快纠正精子恢复正常形态；生殖系统炎症者，或感染溶脲脲原体的患者口服抗生素和四环素类药物治疗；3、严重畸形精子症患者，药物治疗没有效果可以实施辅助生殖技术。
治疗期间避免辐射，高温环境，同时戒烟戒酒。