精子畸形主要治疗方法有：药物治疗和手术治疗。
针对生殖道感染致病者，主要选择抗生素和四环素类药物，西医治疗同时也可以配合中药制剂。针对精索静脉曲张致病者，可以行微创手术高位结扎，同时配合抗氧化的药物加快纠正速度。
建议及时检查，如果是染色体异常导致精子畸形，则很难治疗。