精子畸形症的原因很多：①泌尿生殖道感染，引起精液中的毒素增多、营养物质不足，直接导致精子畸形或死亡。②睾丸炎和附睾结核导致精子数量和质量都不达标、③精索静脉曲张，精子产出的通道受阻引发精子畸形；④使用激素药物或癌症化疗药，如抗癌药、呋喃类等，致精子发育不成熟；⑤生殖腺遭遇辐射，导致精子突变；⑥阴囊局部长期高温、或酗酒，等都可造成精子畸变。