支原体伴霉菌性阴道炎除了要使用克霉唑阴道栓等抗真菌的药物治疗霉菌性阴道炎外，还要联合使用抗菌药物治疗支原体感染。
治疗期间要禁止性生活，性伴侣要同时用药治疗，以免交叉感染，反复发作，或导致疾病加重。一般是要进行药物敏感试验，选择合适的药物治疗。