小儿咽峡炎是由于肠道病毒感染引起的，病原体感染以后，可以应用抗病毒的药物进行治疗。
小儿咽峡炎可能会有高热或是有高热惊厥，要采取积极的降温措施，给予物理降温，如冰枕、温水擦浴等方法，也可以口服对乙酰氨基酚片或是布洛芬混悬液治疗。
日常多休息，保留复原的体力，减慢每天的活动，保暖适当散步，以改善血液循环。