百日咳的早期症状有咳嗽、打喷嚏、流涕、流泪，有低热或中度发热。3～4天后症状消失，热退但咳嗽逐渐加重，尤其在夜间为重，且传染性最强，可持续7～10天，若及时治疗，能有效地控制本病的发展。未能控制就会出现阵发性、痉挛性咳嗽，直至咳出大量黏稠痰液和呕吐胃内容物才会停止。婴幼儿由于声门较小可因声带痉挛和黏稠分泌物的堵塞而发生呼吸暂停，因缺氧会出现发绀，甚至抽搐，亦可因窒息导致死亡。