甲状腺囊肿很少会有恶性细胞，通常只需观察，看是否有变大的趋势即可。
甲状腺囊肿也可经由细针抽取后而消失，但是被抽取后的囊肿仍有可能再复发。少部分的囊肿内藏有恶性细胞，所以甲状腺囊肿的抽取物一定要送细胞化验，另外还要抽血检查甲状腺功能。如存在异常，需及时切除治疗。