十二指肠溃疡临床以上腹部疼痛为主诉，可有钝痛、灼热、胀痛或者剧烈的疼痛，还会出现只有饿的时候才会有隐痛的不舒服感觉。
上腹压痛不明显，无反跳痛及肌紧张样感觉。典型的是剑突下的轻，中度持续疼痛，可以通过制酸剂或者食用来减轻。部分患者无明显诱因而突然发作，并持续数分钟至数天不等，严重影响生活质量。