腘窝囊肿因基底部与膝关节相通，故患者除表现为腘窝处包块外，大多会伴随膝关节胀痛不适甚至活动受限，且随着囊肿增大这些症状会越来越重。
此类疾病只有手术方能从根本上解决问题，术前行膝关节核磁共振，除开放术式外，现在许多专科医院均有能力在膝关节镜下微创处理，具有创伤小，恢复快，复发率低的优点。服用药物治疗一般无效，伴有炎症的可以服用抗生素治疗，对于囊肿本身长期没有消退的，则需要考虑手术切除。