治疗肛窦炎可以采用保守治疗或肛窦切除术治疗。保守治疗：静脉注射抗生素药物，具有抗炎杀菌的作用，来阻止炎症的发展引起其它疾病的发生；肛窦切除术：先在肛门部消毒，在局部麻醉下，病人取截石位或侧卧位，在双叶肛门镜下，暴露病灶，将肛窦、肛门瓣作纵形切口长约1cm，深达切断部分内括约肌，清除感染的肛腺及其导管，结扎出血点，用弯止血钳夹住切口一侧肛管及粘膜，连同增生的肛乳头一起结扎，创口用纱条进行压迫止血，病人术后每日便后坐浴。