治疗肛窦炎一般可以采用保守治疗或肛窦切开术。保守治疗：患者可静脉注射抗生素药物，具有抗炎杀菌的作用，来阻止炎症的发展引起其它疾病的发生；肛窦切开术：适用于单纯隐窝炎，或已成脓，或伴有隐性瘘管的病人，先将肛门部消毒，在局麻或腰俞穴麻醉下，病人取截石位或俩卧位，在肛门镜下，暴露病灶，沿肛窦作纵形切口，使引流通畅，创口用纱条进行压迫止血，病人术后每日便后坐浴。