问题分析：中年女性患者，有甲状腺囊肿，有脖子不舒服，考虑跟甲状腺囊肿有关。
指导建议：针对甲状腺囊肿，下一步建议到医院内分泌科就诊，进一步完善甲功，甲状腺囊肿穿刺检查，评估甲状腺囊肿是否有功能，和是否有恶变，如果单纯为没有功能的囊肿，不需要特殊处理，定期复查。如果有导致甲功变化，需要根据甲状腺激素水平选择药物治疗，如果出现恶变，可以考虑手术治疗。