问题分析：根据以上所描述的症状，患者半夜出现恶心和胃部不舒服，同时伴有咽部疼痛、吞咽时加重等现象，考虑其胃部症状是呼吸道感染引起的消化道症状，而非其他原因。
指导建议：患者咽部疼痛、吞咽时加重符合急性咽炎的表现，此病多为病毒感染引起。建议服用清热解毒中成药，如蓝芩口服液等治疗，关于消化道症状，则应以对症治疗为主。