传染性软疣的治疗用小镊子夹住疣体，将之挤出或挑出，然后点入浓石炭酸或三氯醋酸，并压迫止血；亦可用刮匙刮除，外涂2%碘酒；或0.1%维甲酸酒精局部涂搽。其他，可用电干燥，液氮或干冰冷冻，巨大疣可手术切除。性伴应同时治疗。目前最安全的药物疗法是：中医诊疗（中药治疗传染性软疣以平肝解毒为主，可用去疣汤加减，同时用板蓝根、大青叶、野菊花、白藓皮等适量煎水外洗。）。