肛瘘常发于直肠周围的间隙，间隙中充满脂肪结缔组织，神经分布很少，感觉迟钝，所以患者无明显疼痛，易延误治疗而形成脓肿和瘘管。但这并不是说肛瘘就不会引起疼痛，当管道外口闭合，或引流不畅导致脓液积聚时，可出现局部的胀痛或跳痛。另外，如果肛瘘的内口较大，排便时粪便可进入管道，会引起较为剧烈的疼痛，也有的患者会出现肛门附痛，或腰骶部酸痛。