经常喝咖啡的患者，不管年龄和肥胖程度，脊椎骨密度会降低，骨质会变得疏松。骨质疏松的严重程度也与喝咖啡的时间长短有关。因为，咖啡因能与人体内的某些钙结合，并经尿排出。这样会减少钙的含量，使钙质大量的分解，从而导致骨质疏松。患者过量喝咖啡易引起糖尿病，美洲国家的咖啡消费量也大，患糖尿病的人数也多，但是中国这些国家由于对咖啡的接触较少，所以患上糖尿病的患者并不多。咖啡中有一种咖啡因的物质，如果怀孕的准妈妈喝了，会在宝宝身体内种上糖尿病的种子。
长期喝咖啡会缓解和影响心脏的供血功能，很多患者在喝了大量咖啡之后，患上了心肌梗塞的病症。这对患者来说，无疑是雪上加霜