新鲜肛裂，经非手术治疗可达愈合，如局部热水坐浴，便后用1：5000高锰酸钾溶液坐浴，可促使肛门括约肌松弛;溃疡面涂抹消炎止痛软膏（含地卡因、黄连素、灭滴灵等），促使溃疡愈合;口服缓泻剂，使大便松软、润滑;疼痛剧烈者可用普鲁卡因局部封闭或保留灌肠，使括约肌松弛。
陈旧性肛裂经上述治疗无效，可采用手术切除、包括溃疡连同皮赘（前哨痔）一并切除，还可切断部分外括约肌纤维，可减少术后括约肌痉挛，有利愈合，创面不予缝合，术后保持排便通畅，热水坐浴和伤口换药，直至完全愈合。近年来采用液氮冷冻肛裂切除术，获得满意疗效，术后痛苦小，创面不出血，不发生肛门失禁等优点