灌肠可以是温水灌肠，开塞露灌肠和药物灌肠。
温水灌肠：患者采取左侧卧位，夹闭灌肠器的阀门，将灌肠袋内装入800毫升温水，将灌肠管涂润滑油，缓缓插入肛内，深度约15厘米，打开阀门，控制液体流入速度，将温水灌入肠腔，多用于粪嵌顿的病人或者手术前清洁肠道。
开塞露灌肠：应用50毫升注射器抽取开塞露60毫升，连接导尿管，将导尿管前端涂润滑油，缓缓插入肛门内，插入深度约15厘米，再缓慢的注入开塞露，多用于排便困难的病人。
药物灌肠：多用于治疗性用药，如美沙拉嗪灌肠液，用于治疗溃疡性直肠炎，将带走灌肠器的药物，插入肛门内，缓慢注入药物，多于睡前用药，使药物很好的保留在肠腔内。