临床中，对肛周脓肿应先做彩超检查以了解肛周脓肿是否有清晰脓腔形成，若肛周脓肿已形成清晰脓腔，那说明肛周脓肿只能选择手术治疗了，手术的方法有很多，如肛周脓肿根治术或肛周脓肿切开引流术或肛周脓管切开引流术联合一期挂线术。
若彩超提示肛周脓肿未形成清晰的脓腔则说明肛周脓肿为初期，此种情况还可选用抗生素抗感染，有些可口服或静脉输注抗生素或将抗生素软膏涂于肛周脓肿表面等。