非结核分枝杆菌病的治疗仍以目前常用的抗结核药物，如异烟肼利福平，乙胺丁醇吡嗪酰胺和链霉素为主，但耐药率较高。且因机体体质因素等问题故治疗较困难治疗原则为联合、长程药物治疗近年来用于治疗非结核分枝杆菌病的药物尚包括喹诺酮类如环丙沙星(Ciprofloxacin)，氧氟沙星(Ofloxacin)氟罗沙星(Fleroxacin)大环内酯类，如阿奇霉素(AgithromycinAZ)克拉霉素(clarithromycinCear)头孢菌素类如头孢酊(Cefoxintin，Cet)头孢克肟(Cefixime)。氨基糖苷类如阿米卡星(丁氨卡那霉素AuiKaciaAM)，卷曲霉素(CapreomycinCap)，庆大霉素(GentamicinGm)以及利福布汀(Rifabutin，Rb)环丝氨酸(Cycloserin，Cy)和乙硫异烟胺(EthionamideEthion)，此外如亚胺培能南(Imipenen)四环素(TetracyclinesTz)，多西环素(Doxycycline，Dox)对氨水杨酸钠(PAS)和磺胺甲恶恶唑(Sulfamethoxazole)亦有一定疗效。不同的非结核分枝杆菌有关药物敏感性不尽一致故应针对病原菌结合药敏试验结果考虑2～4药联合治疗方案
1.鸟复合分枝杆菌肺病非HIV感染成人患者采用REIS方案，即利福平(R)600mg/d+异烟肼(I)300mg/d+乙胺丁醇(E)25mg/d2个月，然后每天15mg/kg，在治疗最初8周可加用链霉素(S)，每周2～3次，每次1.0g疗程应维持至痰培养转阴性达1年或REIClof(氯法齐明Clofazimine)方案，近年认为异烟肼和吡嗪酰胺对鸟复合分枝杆菌疗效差，建议在联合治疗方案中采用阿奇霉素(Az500ml/d)或克拉霉素(Clar500mg2次/d)，如克拉霉素+乙胺丁醇+利福平(ClarER)或以利福布汀丁(Rb)取代利福平(R)以及氯法齐明±阿奇霉素±利福平±环丙沙星±庆大霉素(Clof±Ag±R±Cip±Gm)或以卷曲霉素(Cap)取代庆大霉素(Gm)。或其他联合治疗方案如利福平+乙胺丁醇+阿米卡星+环丙沙星(REAmCip)或利福平+乙胺丁醇+环丙沙星+氯法齐明(Clof100mg/d)对于AIDS，CD＜50者。可作预防性治疗利福布汀(Rb)300mg/d，克拉霉素(Clar)500mg2次/d药物治疗无效，而肺部病变局限者可考虑手术治疗。
2.堪萨斯分枝杆菌肺病成人患者采用利福平+乙胺丁醇+异烟肼±乙硫异烟胺(REI±Ethio)，或以环丝氨酸(Cy)取代乙硫异烟胺疗程共18个月病菌转阴性达12个月亦可采用利福布汀+乙胺丁醇+克拉霉素+环丙沙星(RbEclarCip)方案治疗疗程最初2～3个月并用阿米卡星(Am)每天1次或每周5次，继续间歇注射共5个月。亦可合用磺胺甲恶恶唑(3.0g/d)。
3.其他非结核分枝杆菌感染海鱼分枝杆菌感染可用利福平+异烟肼+乙胺丁醇(RIE)方案或多西环素(Dox)100mg，2次/d，磺胺甲恶唑/甲氧苄啶(甲氧苄啶/磺胺甲恶唑160/800mg2次/d治疗蟾蜍分枝杆菌和瘰疠分枝杆菌感染可用RIES方案治疗苏尔加分枝杆菌感染可用REI±Cap治疗方案猿分枝杆菌感染用REIClar方案，随遇分枝杆菌感染用AmCef。考虑到患者的全身体质状态以及需要长期联合使用多种药物，因此应注意观察不良反应，结合病情变化及时处理和调整治疗（表5，67）
预后：各种NTM引起的非结核分枝杆菌肺病预后不同原发非结核分枝杆菌肺病有敏感药物治疗的有手术适应证的、年龄较轻的非播散型的、未与人型结核菌或HIV等混合感染的非结核分枝杆菌肺病预后较好，如堪萨斯分枝杆菌肺病多为原发性，对多种药物敏感预后较好。反之，继发的缺少敏感药物治疗的没有手术适应证的、年龄较大的播散型的与结核菌或HIV等病原微生物混合感染的预后较差如胞内?及偶发分枝杆菌肺病多为继发的，缺少敏感的药物治疗，预后较差。