问题分析：根据你所描述的情况，患儿有脑炎病史，根据住院期间进行脑脊液检查结果，考虑病毒性脑炎的可能性较大，由于病毒有可能对脑细胞造成一定损坏，导致患者出现头痛、头晕、反应迟钝、癫痫等后遗症，也是常见的。
意见建议：一般经过规律抗病毒治疗，病毒性脑炎预后还是比较好的，且病毒性感染有其自限性，不排除先头痛与脑细胞损害有关，如果头痛明显，建议最好定期到医院复查头颅磁共振、脑脊液检查，排除其他神经系统疾病。