在牙齿矫正的过程，牙周炎是让病人担心的问题之一。控制菌斑是最有效的解决方法，日常主要通过早晚仔细刷牙来进行。但由于牙齿本来就排列不齐，加上矫治器的存在，为口腔清洁带来了一定难度。因此，某些不易清洁的部位(如弓丝下方被遮挡的牙面)，可使用间隙刷清理。刷牙后，要照镜子观察牙齿和矫治器上是否还有脏东西;刷牙时，应使用含氟牙膏。漱口水对口腔内细菌起到一定的抑制作用。在正畸治疗中，自我感觉清洁困难时，为防止菌斑产生或清除菌斑，可在短期内使用漱口水。
其实，矫牙过程中，牙齿出现轻微松动是正常的。这与口腔的结构有关。矫牙完成后，经过一段时间的保持(即前面所提的保持器)，牙齿会重新变得跟以前一样稳固。但若矫治过程感觉牙齿过于松动，则可能存在别的问题，应尽快找口腔科医生进行处理，甚至停止矫牙。