1.内科治疗
(1)一般治疗：卧床休息，清淡饮食，少量多餐，戒烟禁酒。
(2)药物治疗：使用能抑制或减少反流和保护胃黏膜的药物，下列药物可以选用。
①考来烯胺(消胆胺)是一种阴离子交换树脂，与胆汁酸有亲和力，服用后可与胆酸结合，减少可溶性胆酸的浓度，防止胃炎的发生，用药时间超过3个月，并要求补充脂溶性维生素。
②多潘立酮是胃多巴胺受体阻滞药，加强胃肠蠕动，促进胃排空，减少胆盐和黏膜接触时间。
③新一代全胃肠道促动剂西沙必利(普瑞博思)是5-HT4受体激动剂，通过兴奋胆碱能受体而增加肠肌间神经丛乙酰胆碱的释放，协调胃窦、幽门十二指肠运动增加胃排空，对控制DGR的发生有较好的疗效。
④由于胆酸需要在H2的介导下才构成对胃黏膜的损伤，因此抗分泌药对保护胃黏膜有一定的作用。
⑤熊去氧胆酸(UDCA)可抑制胆酸的合成，服用后胆汁中有大量的熊去氧胆酸排出，使去氧胆酸和石胆酸的浓度相对减少，故有较好疗效。
⑥铝碳酸镁(胃达喜，Talcid)是层状晶格结构体，能迅速中和胃酸，可逆性失活胃蛋白酶，持续阻止胆酸和溶血卵磷脂对胃黏膜的损伤，增强胃黏膜保护因子作用，治疗胆汁反流性胃炎总有效率可达90%。此外，双八面体蒙脱石(思密达)、复方谷氨酰胺(麦滋林-S)、复方三硅酸镁(盖胃平)、甘珀酸钠(生胃酮)和支链淀粉等均可选用。
(3)静脉高营养治疗：使胃肠道处于休息状态，减少胆汁反流的发生，并补充必要的热卡，电解质。
2.外科治疗 某些患者，尤其是病情较严重者，药物治疗效果不显著，甚至无效，常须手术治疗，手术的方式有若干，但以Roux-en-Y形手术效果最佳。