治疗方法主要分手术和药物两大类，根据病人年龄、病情轻重和有没有生育要求等综合考虑。治疗方法应因人而异。
　　一、手术治疗：最早用于子宫内膜异位症的治疗，至今仍然是主要手段之一。治疗主要适合于病情较重或疼痛严重而药物治疗无效者；
　　（一）保守性手术：仅切除内膜异位病灶，保留卵巢和子宫。适用于年轻、想保存生育机能者，术后大约50-60能怀孕。但疼痛复发率较高；
　　（二）半根治性手术：切除异位病灶的同时切除子宫，至少要保留部分卵巢。适用于已生育、年龄在３５岁以上、疼痛顽固或同时伴有子宫病变者，半根治性手术可根治痛经，术后异位症复发的机会很少。
　　（三）根治性手术：切除双侧附件及子宫，可根治子宫内膜异位症，适用于更年期妇女；近年来，广泛开展腹腔镜手术治疗子宫内膜异位症，开腹手术能做的手术腹腔镜手术均能完成。此外，腹腔镜手术还具有创伤小、恢复快和术后盆腔粘连少等优点。
　　术后症状缓解率及妊娠率可达到开腹手术的效果。越来越受到人们的重视；
　　二、药物治疗：适用于病情较轻、卵巢巧克力囊肿不大者。疗程一般为6-9个月。若作为手术前后的辅助治疗，疗程可缩短为3-6个月。
　　（一）丹那唑，副反应虽较多见，但大多数不重，无需停药。偶尔有肝功过高者，宜及时停药并给于保肝治疗；
　　（二）内美通，副反应轻，而且用药方便；
　　（三）孕激素类药物，妇康片、妇宁片、安宫黄体酮等，适用于经济负担较重，不能服用丹那唑或内美通者，但促生育的作用较小，用药期间亦应定期检查肝功；
　　（四）避孕药：如复方１８甲，需注意，避孕药内的雌激素可刺激子宫肌瘤长大，故有肌瘤者慎用；
　　（五）促性腺激素释放激素激动剂，长期用药可能引起骨质疏松。适用于更年期妇女，尤其是合并子宫肌瘤者；
　　（六）三苯氧胺，它不抑制排卵，缓解痛经效果好，副反应小，对异位症的体征疗效差，适合于症状重而体征轻者；
　　以上药物的浓度及用法，须遵医嘱；
中医的方法不太清楚