1、发病原因不同　　生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒(HSV)侵犯生殖器部位的皮肤、黏膜引起的炎症性、复发性的性传播疾病，与性接触相关。　　女性外阴溃疡的发病原因尚未完全明确，一些学者认为其发病可能与粗大杆菌相关。　　2、发病人群不同　　生殖器疱疹与性接触有关，多见于有高危性接触史的人群;急性女阴溃疡多见于10～30岁的女性，且多数为未婚处女。　　3、临床表现的区别　　原发感染生殖器疱疹患者临床表现最重，好发在外阴、宫颈、肛周及臀部，多为粟粒大丘疹、水疱，可彼此融合成片，2～4天后破溃成为糜烂或溃疡，自觉灼痒、疼痛。发病1周内不时有新皮疹出现，7～10天时达高峰，之后逐渐消退结痂，一般需18～21天皮损完全消退;非原发性及复发生殖器疱疹的临床表现相对较轻。