肛窦炎①保守疗法：可以温盐水坐浴局部，使局部保持清洁，并可在肛窦底部涂5%～10%硝酸银溶液，每日1次。也可用橄榄油30～60mL灌肠。
也可以使用各种痔疮栓和痔疮膏。
同时可口服抗生素，治疗引起该病的腹泻等肠道感染；或使用缓泻剂，使粪便排泄正常，如麻仁润肠丸等。
由于肛窦的解剖及生理特点，其窦口向上，积存的粪便残渣及脓汁不能完全排出，多不能完全治愈，只能减轻症状。
②手术疗法：局麻下，完全切除肛乳头，以及病变的肛窦炎，无明显出血者，可不作结扎，只须压迫止血即可。
对术后患者，应每天温盐水坐浴，口服润肠通便的药物，防止大便干燥，影响伤口愈合。同时，在3～5日后以指扩张肛管，以免伤口粘连。