卵巢囊肿可以是生理性的（即是正常的随生理周期的变化可以自然消失的）或病理性的（由于疾病而形成的囊肿），生理性的囊肿无需手术，而病理性的囊肿，往往需要手术来明确诊断并作相应的处理。对于育龄期妇女，发现一个卵巢囊肿后，要视囊肿的性质决定下一步的处理。B超结果对于诊断很有帮助，如超声提示囊肿为无回声的囊肿，没有分隔，那么可以先观察3个月，3个月后重复超声检查，如囊肿仍然存在，应考虑行手术处理。
除此以外的囊肿，大多情况下均为病理性的囊肿，应行手术明确诊断。