问题分析：您好！目前您母亲最重要的情况是甲状腺的问题，目前甲状腺上有包块，如果边界清，回声均匀，那么常常提示良性的。另外结合甲状腺功能结果，提示存在甲状腺功能减低的情况。至于肝囊肿问题不大，常见病，不需要特殊处理，定期复查就可以的。
意见建议：建议口服小剂量的甲状腺激素替代治疗，减轻甲状腺肿，另外可以考虑手术。定期复查。