人芽囊原虫呈世界性分布，人群普遍易感。凡粪便中排出人芽囊原虫的病人、带虫者或保虫宿主都可成为传染源。粪便管理不当，使人芽囊原虫通过污染水源、食物及用具而传播。蟑螂是重要传播媒介。
预防应加强卫生宣传教育，注意个人卫生和饮食卫生；粪便无害化处理，保护水源，杀灭传播媒介昆虫；轻微症状者无需治疗，当大量寄生或出现严重症状时，可用灭滴灵，亦可用碘化喹宁 治疗。对饮食行业人员要定期检查并及时治疗，对灭滴灵有抗性的虫株可用复方新诺明等。