问题分析：脑膜炎头痛的主要原因是因为颅内压升高，牵涉硬脑膜所致的头痛，当经过一定时间的治疗后，颅内压下降了，头就不痛了，但是感染仍在，所以还会发烧。
意见建议：建议按照医生的治疗方案继续治疗，同时小孩子温度不超过39度，问题都不是很大，实在不放心，可以物理降温。