手术治疗是治疗感染性肾结石的重要措施，应劝病人尽早手术，但手术治疗是有其适应症的，它包括：①反复发作肾绞痛，估计不能排出或不能溶解的肾结石；小结石短期内未排出或直径0.8cm以下者，肾功能良好和无明显感染者，可采用中西医结合内科治疗，但对于肾结石直径超过1cm者，非手术治疗则较难排出。②合并严重梗阻，严重感染危及肾实质；尿路感染与梗阻互为因果，结石在梗阻和感染的情况下增大迅速，几周内便可形成一鹿角形大结石。上述情况均应尽早手术取出结石，纠正梗阻，控制感染，有手术指征而延缓手术，术后结石复发率高，甚至失去肾功能。手术适应症还包括急性梗阻性无尿或少尿、无功能的脓肾、结石引起的癌变等情况