问题分析：你好！从你的叙述看，问题不会太大，因为做过磁共振检查，没有发现问题，首先要考虑是不是耳道炎症，但炎症疼痛是持续性的，所以感觉是一种神经性疼痛，那是磁共振没有办法检查的。
意见建议：建议你最好到耳鼻喉科检查一下，做耳镜检查及耳科相关检查，看是那一类引起疼痛，可以口服谷维素片、维生素B1、6片，等治疗，再可以口服一些消炎镇痛药如芬必得等治疗一段时间。