手术矫治为唯一有效的方法。由于尿道过短会引起阴茎弯曲，因此，患儿最适当的手术时机是从六个月到一岁。
第一次手术时间最晚不要超过三岁。越早进行手术，不仅对生殖功能的影响小，也能够避免患儿可能产生的自卑感。因为，随着年龄逐渐增长，尿道下裂将对孩子造成严重的心理困扰。例如，由于尿道开口异位和阴茎下弯，使患儿不能像正常男孩那样站立着撒尿，而必须采用蹲位或坐位，就会遭到同伴的嘲笑，使患儿产生自卑感。
目前，畸形矫治手术的方法有多种，可根据患儿具体的病情选用。手术成功后，除病情严重的患儿（尿道外口位置较低，并且阴茎较小）外，一般患儿在青春期的发育及成年后的性功能方面，与正常人群几乎没有差别。