1.基础治疗
(1)发作期及退热后24h 应卧床休息。
(2)要注意水分的补给，对食欲不佳者给予流质或半流质饮食，至恢复期给高蛋白饮食；吐泻不能进食者，则适当补液；有贫血者可辅以铁剂。
(3)寒战时注意保暖，大汗应及时用干毛巾或温湿毛巾擦干，并随时更换汗湿的衣被，以免受凉；高热时采用物理降温，过高热患者因高热难忍可药物降温；凶险发热者应严密观察病情，及时发现生命体征的变化，详细记录出入量，做好基础护理。
(4)按虫媒传染病做好隔离。患者所用的注射器要洗净消毒。
2.病原治疗 病原治疗的目的是既要杀灭红内期的疟原虫以控制发作，又要杀灭红外期的疟原虫以防止复发，并要杀灭配子体以防止传播。
(1)控制发作
①氯喹（磷酸氯喹）：每片0.25g(基质0.15g)。第1 天4 片，6h 后再服2片，第2、3 天每天2 片，共计10 片。治疗间日疟及三日疟第1 天4 片已足；治疗半免疫者单剂4 片即可。该药吸收快且安全，服后1～2h 血浓度即达高峰；半衰期120h；疗程短；毒性较小，是目前控制发作的首选药。部分患者服后有头晕、恶心。过量可引起心脏房室传导阻滞、心率紊乱、血压下降。禁忌不稀释静注及儿童肌内注射。尿的酸化可促进其排泄。严重中毒呈阿斯综合征者，采用大剂量阿托品抢救或用起搏器。值得注意的是恶性疟疾的疟原虫有的对该药已产生抗性。
②阿莫地喹（盐酸氨酚喹啉）：作用与氯喹相似。每片0.25g(基质0.2g)，第1 天3 片，第2、3 天各2 片。
③哌喹及哌喹（磷酸哌喹）：本品作用类似氯喹，半衰期9 天，为长效抗疟药。哌喹每片含基质0.3g，哌喹（磷酸哌喹）每片0.25g(基质0.15g)，口服首剂基质0.6g，8～12h 后再服0.3g(恶性疟0.6g)。哌喹须经胃酸作用成盐酸盐后才易吸收。哌喹（磷酸哌喹）吸收快，味苦。耐氯喹的虫株对本品仍敏感。羟基哌基(Hydroxypiperaquine) 及磷酸羟基哌喹(Hydroxypiperaquinephosphate)与哌喹类同，但吸收较快，半衰期2～3 天。三天疗法恶性疟各服基质0.6、0.6、0.3g；良性疟疾各服0.6、0.3、0.3g。较哌喹类更适用。
④奎宁（硫酸奎宁）：本品系金鸡纳树皮中的一种生物碱。抗疟作用与氯喹大致相同，除较迅速杀灭红内期原虫外，还有退热作用。但该药半衰期短(10h)，味苦；对中枢有抑制作用，表现为头昏，耳鸣和精神不振；对心脏有全面抑制作用，静注可出现血压下降；对子宫能增加其收缩力，可引起流产；因此该药仅用于抗氯喹的恶性疟疾及重症病例的抢救。片剂每片0.3 或0.12g，口服第1～2天0.45～0.6g，3 次/d，第3～7 天0.3～0.6g，2 次/d。奎宁（二盐酸奎宁）仅在凶险疟疾时考虑使用。
⑤甲氟喹（盐酸甲氟喹）：适用于治疗各型疟疾及有抗性的病例。一次顿服4～6 片(1～1.5g)。
⑥硝喹(Nitroquine)：本品对各种疟疾及抗氯喹虫株均有效。每片基质12.5mg，常与氨苯砜复方，各含12.5mg。口服每天4 片，连服3 天；3 岁以下服1/4 片。72h 方能控制症状，故作用较慢。
⑦青蒿素：该药作用于原虫膜系结构，损害核膜、线粒体外膜等而起抗疟作用。其吸收特快，很适用于凶险疟疾的抢救。总剂量2.5g，首次1.0g，6h 后0.5g，第2、3 天各0.5g。因排泄迅速，故易复发。蒿甲醚，肌注首剂0.2g，第2～4天各0.1g。
⑧其他新药：磷酸咯啶(Pyracrine phosphate)每片0.1g，首剂3 片，以后2 片，2 次/d，疗程2 天。咯萘啶（磷酸咯萘啶）疗程2 天，各服基质0.8、0.4g。丫索啶(Azacrin)疗程3 天，各服0.6、0.3、0.3g。半免疫者可服单剂0.6g。
⑨针刺疗法：于发作前2h 治疗可控制发作，系调动了体内免疫反应力。穴位有大椎、陶道、间使、后溪，前两穴要使针感向肩及尾骨方向放散，间歇提插捻转半小时。疟门穴，承山穴单独针刺有同样效果。
⑩中医药：祖国医学认为病因是外感暑温疟邪。分为正疟、瘴疟、久疟。正疟相当于慢性复发疟疾。正疟主张和解少阳，祛邪上疟，应用小柴胡汤加减(柴胡、黄芩、党参、陈皮、半夏、甘草)。瘴疟认为需清热、保津、截疟，主张给生石膏、知母、玄参、麦冬、柴胡、常山，随症加减。久疟者需滋阴清热，扶养正气以化痰破淤、软坚散结，常用青蒿别甲煎；何人饮；别甲煎丸等。民间常用单方验方，如马鞭草1～2 两浓煎服；独头大蒜捣烂敷内关；酒炒常山、槟榔、草果仁煎服等。均为发作前2～3h 应用。
(2)恶性疟原虫的抗药性：凡氯喹2.5g(基质1.5g)总量分3 天服，未能消除无性生殖原虫，或1 个月内再燃者，称为抗性。对有抗性者应选用甲氯喹、青蒿素或联合用药。
(3)防止复发和传播：磷酸伯氨喹啉(Primaquine phosphate，简称伯喹)本品能杀灭红细胞外期原虫及配子体，故可防止复发和传播。每片13.2mg(基质7.5mg)，可每天服3 片，连续8 天，或每天4 片，4 天一疗程。恶性疟疾为防止传播也可服伯喹，顿服4 片或1 天3 片，连续2～3 天以消灭配子体。本品过量或者红细胞缺乏G-6-PD，则易致溶血反应。伯喹可与控制发作的药物同时服用。
3.凶险发作的抢救 凶险发作的抢救原则是：
(1)迅速杀灭疟原虫无性体。
(2)改善微循环，防止毛细血管内皮细胞崩裂。
(3)维持水电平衡。
(4)对症。
4.快速高效抗疟药 可选用：
(1)青蒿素注射液：100mg 肌注，第1 天2 次，后每天1 次，疗程3 天。
(2) 咯萘啶（磷酸咯萘啶）注射液：3～6ml/kg，加5%葡萄糖液或生理盐水静脉滴入或分次肌注，2～3 天一疗程。
(3) 氯喹（磷酸氯喹）注射液：0.5g(基质 0.3g)加于5%葡萄糖液或生理盐水300～500ml 中，静滴。第1 天内每6～8 小时1 次，共3 次，第2、3 天可再给1 次。滴速宜慢，每分钟40 滴以下。儿童剂量应小于5mg/(kg?次)，较安全为2.5mg/kg，滴速12～20 滴/min。患者一旦清醒即改为口服。
(4) 奎宁（二盐酸奎宁）注射液：0.5g 加于5%葡萄糖盐水或葡萄糖液300～500ml，缓慢静滴，8h 后可重复1 次。儿童剂量5～10mg/(kg?次)，肝肾功能减退者应减少剂量，延长时隔时间。肌注应双倍稀释深处注入，以防组织坏死。
5.其他治疗
(1)循环功能障碍者，按感染性休克处理，给予皮质激素，莨菪类药，肝素等，右旋糖酐-40（低分子右旋糖酐）。
(2)高热惊厥者，给予物理、药物降温及镇静止惊。
(3)脑水肿应脱水；心衰肺水肿应强心利尿；呼衰应用呼吸兴奋药，或人工呼吸器；肾衰重者可做血液透析。
(4)黑尿热则首先停用奎宁及伯喹，继之给激素，碱化尿液，利尿等。