IBD的治疗目标是针对控制慢性非特异性炎症发作、维持缓解。治疗的着眼点是针对发病机制的各个重要环节予以阻断。IBD的治疗首先要考虑：①疾病的部位和范围，此与治疗方法的选择、药物的反映及预后密切相关。②疾病的活动度与严重度：不同期、不同程度的病变应采用不同的对策，估计预后。③疾病的病程，初发者治疗反应好，而复发者差。④病人的全身情况和有无并发症，有助于不同治疗方法的选择、预后估计和生活质量的评价。治疗原则有三：①尽早控制症状；②维持缓解，预防复发；③评价内科治疗的效果，确定内外科治疗的界限，防治并发症。