骨髓炎的治疗，一般采用手术、药物的综合疗法，即改善全身情况，控制感染与手术处理。由于重病长期卧床，尤其在血源性急性发作后，极需改善全身情况。除用抗菌约物控制感染外，应增进营养，必要时输血，手术引流及其他治疗。

药物应用宜根据细菌培养及药物敏感试验，采用有效的抗菌药物。

如有急性复发，宜先按急性骨髓炎处理，加强支持疗法与抗菌药物的应用，必要时切开引流，使急性炎症得以控制。

无明显死骨，症状只偶然发作，而局部无脓肿或窦道者，宜用药物治疗及热敷理疗，全身休息，一般一、二周后症状可消失，无需手术。

如有死骨、窦道及空洞、异物等，则除药物治疗外，应手术根治。手术应在全身及局部情况好转，死骨分离，包壳已形成，有足够的新骨，可支持肢体重力时进行。手术原则是彻底清除病灶，包括死骨、异物、窦道、感染肉芽组织、疤痕等，术后适当引流，才能完全治愈骨髓炎。骨髓炎手术一般渗血多，要求尽量在止血带下进行，作好输血准备。