克罗恩病以内科治疗为主，外科仅适应其它疗法无效的并发症和多次复发者，由于基层医院往往难以确诊，很少得到内科正规治疗，导致严重的并发症，经外科手术治疗后，才得以确诊，本组5例。另2例因腹痛、腹泻、大便脓血、低热。而误诊为克隆氏病治疗3个月时好时坏，后到外地医院经内镜检查和活检，确诊为乙状结肠克罗恩病，给予5-氨基水杨酸（5-ASA）和甲硝唑及布地奈得保留灌肠治疗，同时配合合理饮食，病情好转。总之，经内外科治疗缓解后的克罗恩病，均应定期复查和恰当药物维持治疗，以长期达到控制发作，维持缓解，减少手术，提高生活质量为目的。
至今仍然无法根治克罗恩氏病。所谓治疗旨在减轻患者的症状，并在出现各种并发症时加以治疗。医生会定期一系列试验，观察病情有否恶化，如何恶化。为了先发制病，诊治并发症和尽可能预防并发症，这样的试验检查是绝对必要的。