问题分析：你好，从你的描述看，巧克力囊肿属于卵巢子宫内膜异位症的简称，是正常的子宫内膜组织生长到了卵巢组织导致的囊肿，而多囊卵巢属于卵巢组织内部的问题，表现为卵巢内呈现多囊样结果，会引起激素调节紊乱，导致月经不调的。
意见建议：建议最好是做个B超，基本上能区分出两者的不同的。