慢性肾小球肾炎和慢性肾盂肾炎的后期在临床上鉴别比较困难，可以从以下几点进行鉴别：
（1）病史方面：慢性肾盂肾炎往往有泌尿系感染史，如尿频、尿急、尿痛、腰痛等症状。（2）尿液的检查：反复做尿液检查，如白细胞增多明显，甚至有白细胞管型，尿细菌培养阳性，有助于慢性肾盂肾炎的诊断。而慢性肾小球肾炎以尿中反复出现尿蛋白为主。（3）静脉肾盂造影：在慢性肾盂肾炎时，静脉肾盂造影可发现肾脏有疤痕变形，呈杵状扩张，或肾影两侧不对称。（4）放射性核素肾图：慢性肾盂肾炎时，可以发现双侧肾功能损害差别较大，以一侧为甚。（5）当慢性肾小球肾炎合并感染时，用抗生素治疗以后尿液改变和氮质血症虽也会好转，但慢性肾小球肾炎的症状仍然存在，如蛋白尿等。而慢性肾盂肾炎则症状基本会消失。