问题分析：根据您所说的情况，三个月大小的宝宝有感冒后流鼻涕，以及鼻塞呼吸困难的现象，考虑还是由于急性上呼吸道感染引起的可能性大。
建议家长带宝宝及时去医院儿科就诊，经医生确诊后积极使用抗感冒的小儿制剂口服治疗，比如使用辛芩颗粒配合小儿伪麻美芬滴剂口服，有明显感染的话积极加用头孢克洛干混悬剂等药物缓解，生活中注意尽量多给宝宝补水，避免宝宝着凉