生殖器疱疹开始局部先有灼痒及轻度紧张感，偶有伴发神经痛。随即出现红斑，在红斑基础上发生簇集性小丘疹，迅速变为粟粒至绿豆大小的水疱，内容澄清，水疱破裂后出现糜烂面，数日后干燥结痂。自觉灼痒，偶有倦怠，不适和轻微发热等全身症状，愈合可遗留暂时性色素沉着。
由于生殖器疱疹与不洁性生活有关，所以在治疗期间要注意避免再次传染，同时也为了传染给其他人，所以要禁止性生活。发热、月经、精神创伤、酗酒、食物都是诱发或者加速生殖器疱疹的因素，所以在避免这些情况的发生。