遗传原因导致肝功能异常，一些遗传性的疾病，例如遗传性白血病、囊性纤维化等，都会引起肝功能异常，另外，还有最常见的先天性肝脏疾病，这对于肝脏的危害极大。当患者出现胆道阻塞的疾病也会引起肝功能异常，例如胆结石等。因为当胆道阻塞，会影响到胆汁的正常排出，从而导致胆汁堆积体内，堆积的胆汁会导致肝脏损伤，并且肝脏内扩张的胆管也会导致肝脏缺血，使肝细胞变性坏死。
当患者患有病毒性肝炎、酒精肝、脂肪肝以及肝硬化等也会导致肝功能异常。如果患者患有病毒性肝炎，病毒入侵人体肝脏，会刺激人体的免疫系统产生抗体，在清除乙肝病毒的过程中会导致肝脏受损，从而导致肝功能异常