治疗肾结石的目的，是去除结石、保持尿路的通畅，使泌尿系统发挥正常的功能。一般来说，5mm以下的肾结石，以保守治疗或观察为主。5mm~2cm的肾结石，首选体外碎石。
饮食调整是预防结石复发的重要内容。对于草酸钙结石的患者，应当减少容易产生草酸的食物的摄入，如菠菜、苋菜、空心菜、芥菜等，避免摄入大量维生素C。饮水也是预防结石复发的重要一环。定期复查，一般不会发展到尿毒症