虽然咳嗽变异性哮喘通常没有生命危险，但由于咳嗽变异性哮喘可以发展为典型哮喘，且本病可以严重影响睡眠、工作和学习，因此应及早诊断并积极进行治疗。
一旦确诊为咳嗽变异性哮喘，应停止应用抗生素或抗病毒药物，同时应注意避免过敏原的接触。特别是对小儿咳嗽变异性哮喘实施哮喘初级预防，旨在促进和加强Th1的细胞反应。
咳嗽变异性哮喘治疗原则和典型哮喘一样，主要以脱敏治疗和吸入糖皮质激素进行抗炎治疗为主，具体治疗方案可参考扩展阅读中的治疗方案。通常需要连续吸入5-7天，在气道炎症控制后，咳嗽症状可逐渐减轻或消失。吸入糖皮质激素的时间应至少持续3个月，以免复发。如果咳嗽较重，必要时可配合应用支气管扩张剂如吸入或口服β2受体兴奋剂或/和口服茶碱类药物，可以暂时缓解咳嗽症状。抗变态反应药物如左旋西替利嗪、地氯雷他定以及肥大细胞稳定剂如Nedocromil、色甘酸钠等也可以收到良好的效果，但往往需要持续应用3个月以上。
对于停药后又反复发作的患者应及时查清过敏原，采取有效的预防手段，必要时给予变应原疫苗治疗